含有碳元素且能被微生物生長繁殖所利用的一類營養物質統稱為碳源。
常用的碳源有糖類、油脂、有機酸及有機酸酯和小分子醇。
根據微生物所能產生的酶系不同，不同的微生物可利用不同的碳源。
碳源對微生物生長代謝的作用主要為提供細胞的碳架，提供細胞生命活動所需的能量，提供合成產物的碳架。
碳源在制作微生物培養基或細胞培養基時有重要的作用，為微生物或細胞的正常生長，分裂提供物質基礎。

目前市面上常用的碳源：甲醇、乙酸、乙酸鈉、面粉、葡萄糖、生物質碳源、污泥水解上清液、啤酒廢水及垃圾滲濾液等。在使用過程中，需要根據實際工程情況選擇合適的碳源。

在理論上，各類碳源都能保證出水總氮達到排放標準，但要考慮多個因素：

1.碳源投加的成本投加成本是碳源的當量COD價格+投加量的綜合算法，需要理論計算加實際運行的投加量確定；

2.碳源產泥率投加碳源，必定會增加污泥的產量，而污泥處理成本很高，這個是選擇碳源必須考慮到的重要一項。

3.保證污水運行的穩定性投加碳源目的是為了脫氮，因此在選擇碳源的時候，要兼顧污水處理廠的運行穩定，如盡可能的避免污泥膨脹、出水COD升高、亞硝基氮累積等。