選擇外加碳源時，不僅要考慮其經濟成本和效益，也需要考慮碳源本身的安全性，以及生物池內的實際有效停留時間等因素，總之，不是越便宜越好。
那么，該如何選擇碳源呢？選擇碳源時可以參考以下幾點原則：
1.外加碳源易被微生物降解，不會對后續出水達標造成不利影響。
2.反應速度足夠快，確保所投加的碳源盡量在厭、缺氧功能區內耗盡，避免增加后續曝氣系統的負擔和運行成本。
3.不會對系統內的微生物種群豐富度和數量造成不利影響，避免投加碳源前后出現微生物的短暫適應性問題，或者培養起來只吃不干活的絲狀菌。
4.價格便宜，安全性好，且易于投加、保存、運輸和使用。